La renaturation des cours d’eau, bénéfices pour la biodiversité et la prévention des inondations

En France, près de 90 % des cours d’eau ont été modifiés par l’humain : rectifiés, endigués, busés, canalés. Résultat ? Des rivières transformées en “tuyaux” à ciel ouvert, avec des berges bétonnées, des lit trop profonds, des crues plus violentes et une biodiversité appauvrie. Depuis une dizaine d’années, une autre approche s’impose peu à peu : la renaturation des cours d’eau.

Derrière ce mot un peu technique se cache une idée simple : redonner aux rivières un fonctionnement plus proche de leur état naturel. Ce n’est pas un retour romantique à une nature “sauvage”, mais une stratégie très concrète pour limiter les inondations, restaurer la biodiversité et adapter les territoires au changement climatique.

Renaturation des cours d’eau : de quoi parle-t-on exactement ?

La renaturation d’un cours d’eau consiste à corriger ou à atténuer les altérations humaines qui empêchent une rivière de fonctionner normalement. L’Office français de la biodiversité (OFB) l’associe à la “restauration de la continuité écologique” et au “retour à un bon état écologique au sens de la directive-cadre sur l’eau (DCE)” de l’Union européenne.

Concrètement, cela peut inclure :

Reméandrer un cours d’eau rectifié (lui redonner des courbes et des sinuosités)
Remonter le fond du lit lorsqu’il a été trop creusé (incision), afin de reconnecter la rivière avec ses berges et sa plaine inondable
Restauration de berges (enlever des enrochements, désartificialiser, replanter une ripisylve, c’est-à-dire la végétation des bords de cours d’eau)
Effacement ou aménagement d’ouvrages (seuils, petits barrages, ouvrages hydrauliques) qui bloquent la circulation des poissons et des sédiments
Restauration de zones humides annexes (bras morts, marais, prairies inondables)

La renaturation n’est donc pas forcément “laisser faire la nature”. C’est souvent un chantier lourd, planifié, qui combine génie civil, hydromorphologie et écologie, avec des objectifs bien définis : qualité de l’eau, continuité piscicole, réduction du risque inondation, amélioration du paysage, etc.

Pourquoi a-t-on autant modifié nos rivières ?

Pour comprendre les bénéfices de la renaturation, il faut d’abord se rappeler pourquoi on a autant artificialisé les cours d’eau. Les raisons principales sont bien identifiées par les agences de l’eau et les rapports du ministère de la Transition écologique :

Limiter les inondations… à court terme : en rectifiant un lit, en le creusant et en endiguant, on fait “filer” l’eau plus vite pour protéger des zones urbanisées en aval immédiat.
Gagner des terres agricoles ou constructibles : assécher les zones humides, réduire la plaine inondable, canaliser la rivière dans un couloir plus étroit.
Favoriser la navigation ou l’hydroélectricité : barrages, seuils, canaux, déviations.
Stabiliser le lit : empêcher l’érosion de certaines berges, protéger des infrastructures (routes, ponts, bâtiments).

Ces interventions ont pu sembler efficaces à court terme. Mais elles ont aussi créé une série d’effets pervers que l’on commence à payer très cher : augmentation de la violence des crues, érosion des lits, disparition des frayères pour les poissons, baisse de la capacité d’auto-épuration des rivières, perte de zones humides et de biodiversité associée.

Comment une rivière “naturelle” réduit les inondations ?

Intuitivement, on pourrait penser qu’une rivière canalisée, bien calibrée, est plus “sûre” qu’une rivière méandriforme qui déborde sur sa plaine inondable. En réalité, c’est souvent l’inverse.

Une rivière en bon état écologique joue un rôle de “système tampon” face aux pluies intenses :

Les méandres ralentissent l’écoulement : en sinuant, l’eau parcourt plus de distance, elle perd de la vitesse. C’est un peu l’équivalent hydraulique d’un ralentisseur sur une route.
La plaine inondable stocke temporairement l’eau : lors des crues, la rivière déborde dans ses zones naturelles d’expansion des crues. Selon le Cerema, ces zones peuvent stocker plusieurs centaines de milliers de m³ d’eau pour un même tronçon de vallée, ce qui réduit le pic de crue en aval.
Les sols et les zones humides infiltrent une partie de l’eau : un sol vivant, non compacté, absorbe l’eau et limite le ruissellement de surface.
La végétation des berges freine les flux : arbres et arbustes augmentent la rugosité hydraulique, donc freinent l’écoulement et dissipent l’énergie de la crue.

Les modèles hydrauliques réalisés dans plusieurs projets de renaturation, par exemple sur la rivière Thur en Alsace ou sur la vallée de la Seine amont, montrent régulièrement des réductions de hauteur de crue de plusieurs dizaines de centimètres en aval lorsque les zones d’expansion naturelle sont restaurées. Quelques dizaines de centimètres peuvent faire la différence entre un rez-de-chaussée inondé et un quartier préservé.

Renaturation et prévention des inondations : des exemples concrets

Plusieurs retours d’expérience en France et en Europe permettent de passer du principe général aux résultats mesurés.

La renaturation de la rivière Aire (Genève, Suisse) : ce projet emblématique (plus de 200 millions de francs suisses, lancé dans les années 2000) a transformé un canal bétonné en un cours d’eau méandriforme avec large espace de mobilité. Résultats : meilleure dissipation des crues, augmentation de la biodiversité (indices biologiques multipliés par 2 à 3 selon les groupes étudiés), amélioration du paysage et des usages récréatifs.
Programme “Room for the River” (Pays-Bas) : plutôt que de rehausser systématiquement les digues, les autorités néerlandaises ont choisi de redonner de l’espace aux fleuves (Rhin, Waal, IJssel, etc.) en déplaçant des digues, aménageant des bras secondaires et des zones d’inondation contrôlée. L’Agence européenne pour l’environnement (AEE) retient ce programme comme exemple clé de “solutions fondées sur la nature” pour la gestion des risques d’inondation.
Effacement du barrage de Saint-Étienne-du-Vigan sur l’Allier : la suppression de cet ouvrage au début des années 1990 a restauré la continuité sédimentaire et piscicole sur plus de 70 km, avec une amélioration nette de la dynamique fluviale. Les études ont aussi montré une diminution de la vulnérabilité de certains secteurs aux crues grâce à la remobilisation de la plaine alluviale.

Ces opérations ont un coût. Mais elles remplissent plusieurs fonctions à la fois : réduction du risque inondation, adaptation au changement climatique, restauration de la biodiversité, amélioration paysagère, attractivité touristique. C’est ce qu’on appelle des “co-bénéfices”, très recherchés dans les politiques publiques actuelles.

Un levier puissant pour la biodiversité aquatique et terrestre

La renaturation des cours d’eau est aussi, et peut-être surtout, un outil majeur pour restaurer la biodiversité. Les données de l’Observatoire national de la biodiversité montrent que les milieux aquatiques continentaux (rivières, zones humides, lacs) font partie des écosystèmes les plus dégradés en France, avec une forte proportion d’espèces menacées (amphibiens, poissons migrateurs, odonates, etc.).

Pourquoi la renaturation change-t-elle autant la donne ?

Retour des habitats diversifiés : dans un canal rectiligne et homogène, les habitats sont pauvres : peu de caches, peu de variation de profondeur, de courant ou de substrat. Les méandres, bancs de graviers, radiers et mouilles créés par la renaturation offrent une mosaïque d’habitats, favorable à un large éventail d’espèces.
Réouverture des continuités écologiques : en supprimant ou aménageant des obstacles (seuils, petits barrages), on permet à nouveau la migration des poissons (saumon, truite, alose, anguille) et la libre circulation des sédiments.
Reconstitution de la ripisylve : les arbres de berge fournissent de l’ombre (donc régulent la température de l’eau), de la matière organique (feuilles, bois) et des microhabitats (racines, surplombs). C’est aussi un corridor pour les oiseaux, chauves-souris, insectes, petits mammifères.
Restauration des zones humides associées : prairies inondables, roselières, mares temporaires. Ces milieux comptent parmi ceux qui hébergent le plus grand nombre d’espèces par unité de surface, tout en étant parmi les plus menacés en Europe (près de 50 % des zones humides françaises ont disparu depuis le début du XXe siècle selon le Commissariat général au développement durable).

Les suivis scientifiques menés après des projets de renaturation en France montrent souvent :

Une augmentation de la richesse spécifique (nombre d’espèces) de macro-invertébrés aquatiques (insectes, mollusques, crustacés) de l’ordre de +20 à +50 % en quelques années
Le retour d’espèces indicatrices de bonne qualité écologique (truites fario, chabots, certaines espèces d’éphémères et de plécoptères)
Une amélioration des indices biologiques (IBGN, IPR, etc.) utilisés par les agences de l’eau pour évaluer l’état des cours d’eau

Autre bénéfice souvent sous-estimé : une rivière renaturée est plus résiliente au changement climatique. Des eaux plus fraîches grâce à l’ombre, des refuges pour les espèces lors des étiages sévères, des zones humides qui restent en eau plus longtemps… Autant d’éléments qui peuvent limiter les impacts des sécheresses et des canicules sur la faune aquatique.

Des projets parfois contestés : quels sont les points de débat ?

La renaturation des cours d’eau n’échappe pas aux controverses. Plusieurs objections reviennent régulièrement lors des concertations locales :

Crainte d’inondations accrues en amont immédiat : redonner de l’espace à la rivière suppose parfois d’accepter que certaines parcelles soient davantage exposées aux débordements fréquents (mais moins violents). D’où la nécessité d’une évaluation hydraulique fine et d’indemnisations ou de changements d’usage des sols.
Perte d’usages historiques : certains moulins, plans d’eau ou retenues ont une valeur patrimoniale, paysagère ou touristique. Les effacer ou les modifier peut être mal vécu localement. Des solutions intermédiaires (contournement piscicole, seuil abaissé, gestion adaptative) sont parfois possibles.
Coûts et bénéfices difficiles à comparer : comment mettre en balance un investissement de plusieurs millions d’euros avec des bénéfices en biodiversité, en risque d’inondation évité, en attractivité du territoire, étalés sur plusieurs décennies ? Les études coût-bénéfice progressent, mais restent complexes.
Temps long de la nature : restaurer un cours d’eau ne produit pas un “résultat final” en 6 mois. Les dynamiques fluviales et écologiques se jouent sur des années, voire des décennies. Cette temporalité est parfois difficile à concilier avec les logiques de mandat politique ou de financement.

Ces controverses ne signifient pas que la renaturation est une fausse bonne idée, mais qu’elle doit être planifiée, concertée et évaluée avec rigueur. Les retours d’expérience les plus positifs sont ceux où les acteurs locaux (agriculteurs, collectivités, associations, riverains) ont été associés très tôt aux choix techniques et aux changements d’usage.

Que peut faire une collectivité ? De la stratégie aux travaux

Pour une commune ou une intercommunalité, la renaturation d’un cours d’eau ne commence pas par les pelleteuses mais par une vision à long terme. Les outils existent déjà dans les politiques publiques françaises :

Intégrer les solutions fondées sur la nature dans la gestion des inondations : les Programmes d’Actions de Prévention des Inondations (PAPI) peuvent financer des projets de restauration de lits, de zones d’expansion des crues, de désartificialisation de berges.
Articuler avec la politique de l’eau : les Schémas d’Aménagement et de Gestion des Eaux (SAGE) et les SDAGE (à l’échelle des bassins) fixent des objectifs de bon état écologique et de restauration de la continuité.
Préserver le foncier nécessaire : la renaturation a besoin d’espace. Cela suppose parfois des acquisitions, des conventions de servitude, ou la modification des documents d’urbanisme pour éviter de nouvelles constructions en zone inondable.
Pilotage par des syndicats de rivière : beaucoup de projets sont portés par des structures de bassin versant (EPTB, EPAGE, syndicats mixtes), qui mutualisent les compétences techniques et la concertation.

Sur le plan opérationnel, les travaux de renaturation peuvent aller de simples interventions (arrachage de quelques enrochements, replantation de ripisylve) à des chantiers lourds (déplacement de digues, reméandrage complet, effacement d’ouvrages). Les financements viennent en général d’un mix : Agences de l’eau, collectivités locales, État, Europe (fonds FEDER, Life).

Et à l’échelle des citoyens, que peut-on faire ?

On imagine souvent que la renaturation est l’affaire exclusive des ingénieurs et des bulldozers. Pourtant, les citoyens ont un rôle non négligeable à jouer, à plusieurs niveaux :

Participer aux concertations locales : réunions publiques sur les projets de PAPI, SAGE, projets de renaturation. Donner un avis, poser des questions, signaler des usages ou des enjeux locaux, c’est déjà influencer les choix.
Soutenir la désimperméabilisation et la gestion des eaux pluviales : chaque m² désimperméabilisé (cour, jardin, parking) limite le ruissellement et la charge en eau qui arrive trop vite dans les rivières. Jardins de pluie, cuves de récupération d’eau, toitures végétalisées sont des “micro-renaturations” du cycle de l’eau.
Surveiller et signaler les pollutions : une rivière renaturée mais régulièrement polluée perd une bonne partie de son intérêt écologique. En France, les citoyens peuvent signaler des pollutions à la mairie, à la préfecture, ou via certaines plateformes des agences de l’eau et de l’OFB.
Rejoindre des associations naturalistes ou de riverains : ces structures participent aux suivis de biodiversité, aux inventaires, aux chantiers bénévoles (plantations de haies, restauration de berges). Leurs données alimentent aussi les décisions publiques.
Adapter ses usages de loisirs : limiter le piétinement des berges sensibles, respecter les zones de quiétude, accepter le caractère parfois “sauvage” ou “en désordre” d’une rivière renaturée (bois mort, variations de niveaux). Un cours d’eau vivant n’est pas une piscine bordée de gazon.

Ce que l’on sait, ce qui reste incertain, ce que l’on peut faire

Les connaissances scientifiques et les retours d’expérience convergent sur plusieurs points solides :

Une rivière renaturée réduit la vulnérabilité aux inondations à l’échelle d’un bassin versant, en ralentissant et en stockant une partie des eaux de crue, à condition de lui redonner de l’espace disponible.
La biodiversité aquatique et rivulaire bénéficie rapidement de la renaturation, avec une augmentation mesurable de la richesse spécifique et des indices biologiques en quelques années.
Les solutions fondées sur la nature sont plus flexibles et adaptatives que les ouvrages “tout béton”, et offrent des co-bénéfices importants (paysage, loisirs, régulation thermique, stockage de carbone dans les sols et la végétation).

Des incertitudes persistent :

La quantification fine des bénéfices économiques (coûts évités d’inondation, gains de biodiversité, services écosystémiques) reste complexe, même si les méthodologies progressent.
Les réponses des écosystèmes au changement climatique : une rivière renaturée est plus résiliente, mais jusqu’à quel point face à des scénarios de sécheresse ou de crues extrêmes ? Les modèles doivent encore être affinés.
L’acceptabilité sociale : chaque territoire a ses spécificités, ses usages de l’eau, ses références paysagères. Ce qui fonctionne bien dans une vallée peut être contesté dans une autre.

À l’échelle des acteurs :

Les collectivités peuvent intégrer la renaturation comme pilier de leur stratégie anti-inondation et de leur adaptation au climat, en articulant urbanisme, eau, biodiversité et risques.
Les entreprises (notamment du BTP, de l’aménagement, de l’énergie, de l’agriculture) peuvent intégrer la préservation ou la restauration des continuités écologiques aquatiques dans leurs projets, et éviter de nouvelles artificialisation des berges.
Les citoyens peuvent soutenir les projets ambitieux, accepter une part de “désordre naturel” dans les paysages fluviaux, réduire chez eux l’imperméabilisation des sols, et s’impliquer dans la vie associative et les consultations publiques.

Redonner aux rivières un fonctionnement plus naturel n’est pas un luxe écologique, ni un caprice d’aménageurs “verts”. C’est un investissement structurant pour limiter les dégâts des crues, restaurer des écosystèmes clés pour la biodiversité, et rendre nos territoires plus vivables dans un climat qui devient plus instable. À condition d’accepter de bouger quelques digues… au sens propre comme au figuré.